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La trama se basa en la existencia de dos mundos Sylvarant y Tethe'alla Estos originalmente eran uno pero tras una gran guerra un héroe desidio separarla y mediante el uso de las organizaciones "los desianos" y la iglesia de Martel, creo un ritual de regeneración del mundo. Sin embargo, este ritual solo sirve para uno de los mundos, y para que uno prospere el otro debe deteriorarse. 

La serie y el videojuego inicia cuando Colette Brunel,la elegida de Sylvarant, inicia su viaje para regenerar el mundo, en un principio con su profesora Raine Sage y con el mercenario Kratos Aurion, luego se unen Lloyd Irving y Genis Sage tras haber conseguido completar la mitad del ritual conocen a Sheena Fujibayashi una asesina enviada por Tethe'alla para liquidar a la elegida y así evitar el decline de su mundo, sin embargo Sheena no tiene la fuerza para terminar con otra vida y se aleja por un tiempo. 

Finalmente el ritual es terminado y todos se preparan para ir a la locación final, es allí donde se dan cuenta del engaño del que todo el mundo es víctima, Colette tiene que sacrificarse pero no con el fin de salvar al mundo, sino para servir como nuevo cuerpo para la diosa Martel, tras la batalla, despiertan en la base secreta de los Renegados, quienes sirven como una oposición a los Cruxis, y tras una charla con su líder Yuan quien les dice su objetivo son salvados por Sheena, y poco tiempo después ella revela la existencia de Tethe'alla. La serie termina con los protagonistas transportándose al otro mundo y la introducción a una posible continuación.