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La historia comienza cuando Nozomu Futami, el protagonista, vuelve a la ciudad donde creció para asistir a clases y vivir con su tía, ya que su padre ha conseguido un trabajo como astrónomo en Hawai, y Nozumu ha preferido quedarse en Japón.
Su tía es custodia de un templo en el cual hay una piedra que según la leyenda local recuerda la maldición de dos hermanas gemelas que se enamoraron del mismo hombre, y este al no poder elegir por ninguna de las dos, murieron de pena convirtiéndose en dos pequeñas aves; y según dicen es la causa principal que la ciudad tenga más hermanas gemelas de lo normal. Y Nozomu tendrá que lidiar con el amor de varias gemelas, al igual que la leyenda.

Nueva entrega de Futakoi con bastantes cambios. Empezando por un salto temporal de unos tres anos aproximadamente, por la eliminacion de todo personaje que no fueran las propias gemelas a las que se les ha dado un nuevo rol. La historia girara en torno a Futaba Rentarou, un detective privado de 21 anos, dueño de la agencia Futaba y a sus dos preciosas ayudantes, Souju y Sara Shirogane.
Rentarou es un joven detective privado de 21 años que no es bueno en nada. Según la descripción de sus ayudantes :“Fumador empedernido, despistado, que no pudo entrar en la universidad, con un nombre extraño... Pero cuando tiene que hacer algo, lo hace”. Y por ello, sus dos ayudantes Sara y Soju, gemelas de 16 años, están perdidamente enamoradas de el.
Futakoi: Alternative es una serie con los mismos personajes de Futakoi, las seis gemelas, y Rentarou (comúnmente apodado Nidaime) en la cual viven una historia totalmente distinta, llena de acción alocada y sentimientos, para proteger su amada cuidad de Futagotamagawa.